近年の箕面自由学園において特筆すべきは、進学指導体制の抜本的な強化です。かつてのスポーツ強豪校という単一的なイメージから脱却し、明確な目標に応じた複線型コース制を確立しています。各コースの学力水準を示す箕面自由学園高校の偏差値は、最上位の特進系で60〜63前後、標準的な総合進学系で46〜52前後と幅広いレンジで構成されています。
現在の教育課程では、国公立大学や難関私立大学(早慶上理・関関同立)の現役合格を目指す「スーパー特進コース(Ⅰ類)」、中堅から難関私立大学を視野に入れた「特進コース(Ⅱ類)」、そして多彩な進路希望や高大連携に対応する「文理進学・総合進学コース」などが展開されています。特に箕面自由学園高校のコース・特進クラスでは、放課後講習や個別指導体制が手厚く組まれており、予備校に依存しすぎない学習サポートが整っています。
出口調査にあたる箕面自由学園の大学合格実績を見ると、関西大学、関西学院大学、同志社大学、立命館大学の「関関同立」グループに毎年まとまった合格者を輩出しています。さらに京都産業大学、近畿大学、甲南大学、龍谷大学の「産近甲龍」をはじめ、関西圏の主要私立大学への合格率は高水準をキープ。指定校推薦枠を多数保持している点も、堅実な進学先確保を狙う層にとって大きなアドバンテージとなっています。