サンキューマートは現在、北海道から沖縄まで全国の主要商業施設を中心に約100店舗規模のネットワークを構築しています。かつては若者カルチャーの発信地に集中していましたが、近年はファミリー層や幅広い世代が立ち寄りやすいショッピングセンター内への出店を強化し、390円ショップ店舗検索を利用するユーザー層も多様化しています。
全国の店舗網を俯瞰する上で押さえておきたいのが、東京店舗や大阪店舗を中心とするフラッグシップ（大型店舗）と、標準店舗における取扱商品数の圧倒的な差です。特にフロア面積が広く設定された大型店舗では、一般店では展開しきれないアパレル類や大型インテリア雑貨、さらには「推し活グッズ専門コーナー」が常設されており、新企画のフルラインナップをいち早く体感できる拠点となっています。
東日本の中心となる東京エリアでは、トレンド発信の象徴である原宿エリアの店舗や、サブカルチャーの拠点である池袋サンシャインシティ内の店舗が絶大なトラフィックを誇ります。一方、西日本を牽引する大阪エリアでは、ブランド発祥の地に近い心斎橋・アメリカ村周辺の路面店や、梅田HEP FIVE内の店舗が旗艦拠点として圧倒的な商品回転数を記録しています。限定コラボグッズの発売日には、これらの主要店に最優先で潤沢な初期在庫が割り振られる構造になっています。
