美秀美術館を語る上で避けて通れないのが、検索エンジンでも度々疑問視される「宗教の背後関係」です。結論から述べると、本美術館の母体は、宗教法人「神慈秀明会（しんじしゅうめいかい）」であり、美術館の名称も同会の会祖である実業家・小山美秀子（こやまみほこ・1910〜2003）氏の名に直接由来しています。敷地が広がる信楽町田代平野の一角には神慈秀明会の本部施設（同じくI.M.ペイ氏が設計した鐘塔・カリヨンなどで知られる）が隣接しています。
小山美秀子氏は、大本教や世界救世教の岡田茂吉（岡田自適）氏の「美を通じた心の浄化と世界平和の実現」という教えに強い共感を受け、生涯をかけて古今東西の美術品の収集に私財を投じました。「大自然の美と美術品の美の融合によって、人々の魂を慰め、純粋な感性を呼び覚ます」という明確な信念が、俗世を離れた滋賀の山奥に美術館を建設した根源的な理由です。
しかし、ネット上で懸念されがちな「美術館に行くと信者から勧誘を受けるのではないか」「入館すると芳名帳から宗教の案内状が届くのではないか」という疑念について、現地取材および来館者取材データからは否定的な証拠が明確に確認できます。美術館の運営は財団法人（現在は公益財団法人岡田茂吉美術文化財団 MIHO MUSEUM）として組織的に独立して行われており、チケット購入時や入場時に個人情報や信条を問われることは一切ありません。学術面でも、初代館長を務めた哲学者・梅原猛氏をはじめ、第2代館長・井上裕雄氏、第3代館長・辻惟雄氏といった日本を代表する最高峰の美術史学者・文化人が歴代の舵取りを担っており、世界の公私立美術館と対等に作品を貸出・借用し合う厳正な学術研究機関として機能しています。
