乗船前後の陸路アクセスも重要な検討材料です。大分側の佐賀関港アクセスは大分市中心部から国道197号経由で約40分、東九州自動車道の大分宮河内ICからもスムーズに到達できます。一方、愛媛側の三崎港駐車場は、佐田岬メロディーラインの快適なドライブコースの終点に位置しており、一時的な待機・買い出し用の駐車スペースや近隣の道の駅施設が充実しています。
九州〜四国間を結ぶ他の海上ルート（八幡浜〜別府・臼杵航路など）や、東北・北海道を結ぶシルバーフェリー比較などの長距離航路と比べても、国道九四フェリーの最大の強みは「圧倒的な乗船時間の短さ（70分）」と「運行本数の多さ」です。長時間の船旅で船内泊をする必要がない日中移動であれば、トータルのガソリン代や高速料金を差し引いても抜群のコストパフォーマンスを発揮します。
