交通アクセス面では、JR筑肥線が福岡市地下鉄空港線と相互直通運転を行っている点が最大の武器です。乗り換えなしで天神駅まで快速で約25分、博多駅まで約30分、福岡空港駅まで約35分という抜群のアクセス性を誇ります。
朝の通勤時間帯におけるJR筑肥線の混雑率はピーク時（7:30〜8:30頃）に高くなりますが、九大学研都市駅は快速・普通ともに全列車が停車するため運行本数が確保されています。また、駅北口・南口のバスターミナルからは九州大学伊都キャンパス行きの路線バス（昭和バス）が頻繁に発着しており、通学・通勤ピーク時には数分間隔で運行されているため、学術関係者の移動も極めてスムーズです。
