事件の本質であるポケモンショック 原因は、映像演出技法における「過剰な光の明滅」にありました。該当回となった第38話「でんのうせんしポリゴン」のクライマックスシーン（午後6時51分頃）、主人公サトシ一行を追うサイバーミサイルに対し、ピカチュウ 電撃 点滅（10まんボルト）を放って迎撃・爆破する場面が描かれます。
この爆発エフェクトとして、アニメーション制作現場で広く使われていた「パカパカ（フレームごとに赤と青の原色を交互に全画面表示する手法）」が採用されました。問題は、その点滅速度が1秒間に約12回（12Hz）という極めて高い頻度で、約4秒間にわたって画面全体で激しくフラッシュした点です。
医学的に、ヒトの脳波（特に後頭葉の視覚野）は10〜20Hz前後の赤色・青色の光刺激に対して極めて共鳴しやすく、これが引き金となって光過敏性発作 パカパカ（光過敏性てんかん反応）を誘発します。暗い室内で近距離からブラウン管テレビを凝視していた多くの子どもたちの脳内で神経細胞の過剰放電が一斉に生じ、意識消失や痙攣、激しい吐き気を引き起こしました。
