短大選びにおいて、学費および経済的支援制度の充実は欠かせない要素です。別府溝部学園短期大学の初年度納入金は、学科によって若干異なるものの概ね約110万〜125万円程度（入学金・授業料・施設設備費等の合計）となっており、私立短大としては全国平均的な水準です。
特筆すべきは、多様な学費減免制度が機能している点です。同校は文部科学省の「高等教育の修学支援新制度（授業料等減免と給付型奨学金）」の対象校となっており、住民税非課税世帯や準ずる世帯の学生は大幅な支援を受けることができます。
さらに学園独自の制度として、以下のような支援策が用意されています。
- 指定校推薦入試・専願入試優遇：入学金の一部減免措置などが適用されるケースがある。
- 特待生制度（学力・資格・スポーツ）：成績優秀者や高校時代の取得資格に応じて授業料の全額または半額免除。
- 同窓生・ファミリー優遇制度：親兄弟姉妹が溝部学園の卒業生または在学生である場合に入学金を減免。
- 介護福祉士等修学資金貸付制度：大分県などの公的貸付を活用することで、卒業後一定期間の従事で返還が全額免除される仕組み。
これらの制度を適切に組み合わせることで、経済的な自己負担を大幅に軽減しながら2年間の資格取得を目指すことが可能です。
