進学面において最大の強みとなるのが、系列である北星学園大学への強固な推薦パイプです。進路指導部の公表数値および過去3年間の推移を分析すると、卒業生全体の約35〜45%が北星学園大学・同短期大学部へと進学を果たしています。
注目すべきは北星学園大学の内部進学枠の運用実態です。この枠は全生徒に無条件で与えられるフリーパスではありません。高校3年間の評定平均値(概ね3.0〜3.5以上、学部学科により異なる)に加え、一定の出席日数、校内実力テストの基準点、さらには面接や小論文審査をクリアすることが課されます。特に人気の高い文学部英文学科や心理応用コミュニケーション学科、経済学部の主要学科などは学内選抜で競合が発生するため、進学コースの生徒であっても1年次からの定期試験対策を怠ることはできません。
他方で、北星学園大学附属高校の進学実績は系列大にとどまりません。指定校推薦枠として、同志社大学や関西学院大学、立教大学といった道外の有名キリスト教主義同盟校(プロテスタント系連携校)の推薦枠を毎年安定して保持しています。一般選抜での激戦を避け、高校生活の実直な歩みを武器に名門私大へ進学できるルートが確立されている点は、公立高校にはない圧倒的なアドバンテージです。