都市部からの来訪者が妙高高原駅の改札口で最も頻繁に直面するトラブルが、「交通系ICカード（Suica・PASMO・ICOCA等）が使えない」という現実です。JR東日本エリアである長野駅方面や新潟駅近郊ではSuicaの利用可能エリアが拡大しているため、「新幹線や特急から乗り継いでそのままタッチで下車できる」と思い込んで改札機を探す観光客が後を絶ちません。
妙高高原駅はえちごトキめき鉄道（妙高はねうまライン）が駅業務を統括・管理し、南側の長野方面へ延びるしなの鉄道（北しなの線）が乗り入れる共同使用駅です。両社ともに全線にわたる共通のIC改札システムを導入しておらず、妙高高原駅構内にはICカードの入場・出場用リーダーが設置されていません。長野駅などからICカードで入場して当駅に到着してしまった場合、全区間の運賃を現金等で別途精算した上で「ICカード処理連絡票」を受け取り、後日利用可能な駅でカードの入場記録を取り消すという煩雑な手続きを余儀なくされます。
さらに、鉄道運行面における妙高高原駅 乗り換えの構造も、初めて訪れる人にとっては戸惑いの原因となっています。現在、直江津方面からの「妙高はねうまライン」と長野方面からの「北しなの線」を直通する定期普通列車は運行されておらず、原則としてすべての利用客が妙高高原駅で乗り換える運行体系です。構内では基本的に同一ホーム（2番線と3番線）で平面対面乗り換えができるようダイヤが調整されているものの、事業者間を跨ぐため、切符の通し購入や運賃計算の複雑さが現場の窓口を圧迫する要因となっています。
