おそうじ本舗が他社との決定的な差別化として打ち出しているのが、エアコンの「完全分解洗浄」です。一般的なエアコンクリーニングでは、外装カバーとフィルターを外し、熱交換器（アルミフィン）に薬剤を吹き付けて高圧洗浄しますが、これでは構造上、奥にある「ドレンパン（結露水の受け皿）」や「送風ファン」の裏側に潜むカビの約30〜40%を取り残してしまいます。
おそうじ本舗の完全分解洗浄の効果は、送風ファンやドレンパンまで完全にパーツを取り外して洗浄液に浸すため、内部のカビ除去率は99%以上に達します。現場で洗浄後の汚水を確認すると、通常の簡易洗浄では流れ出てこないヘドロ状の黒カビや油煙の塊が大量に排出されるのが確認できます。
ただし、この完全分解洗浄は高度な分解技術を要するため、エアコンの設置状況（左右や天井との隙間が10cm未満の場合など）や、製造から10年以上経過した旧型モデルの場合は対応不可となるケースがあります。また、通常洗浄より作業時間が1時間〜1.5時間ほど長くかかるため、在宅時間の確保が必要です。
