学校選びにおいて保護者が最も懸念する「いじめ」の有無について、教育相談室や関係者へのヒアリングから見えた現場の構造は、全日制高校のそれとは大きく異なっています。
通信制高校の特性上、固定されたクラスで1日中同じ集団と過ごす時間が強制されないため、全日制で頻発しやすい「閉鎖的なスクールカースト」や同調圧力による集団いじめは構造的に発生しにくい環境です。万が一人間関係のトラブルが発生した場合でも、通学スタイルを登校日数の少ないコースに変更したり、登校時間帯をずらしたりすることで物理的な距離を取ることが可能です。
在校生の手記やインタビュー記録には次のような率直な声が残されています。
「中学時代はいじめと不登校で人間不信だったが、飛鳥未来では誰も他人に干渉しすぎない。先生も一人ひとりの事情を尊重して見守ってくれるため、自分のペースで登校を再開できた」（卒業生の手記より抜粋）
校則に関しては「服装・頭髪・メイク原則自由」という方針が採られています。制服の着用義務はなく、私服通学や好きな髪色で登校できる自由さが人気を集める一方で、「風紀が乱れているように見えて不安」という保護者の声も一部に存在します。しかし、他人に迷惑をかける行為や法律違反に対しては厳格な指導が行われており、自由と自己責任のバランスを学ぶ場として機能しています。
