元箱根港を発着する箱根海賊船は、基本的に桃源台港行きおよび箱根町港行き（一部経由便含む）が運航されています。通常期はおおむね30〜40分間隔で運航されており、日中であれば極端に長く待つことなく次の便に乗船可能です。
所要時間の目安として、元箱根港から桃源台港までは片道約25分〜40分（箱根町港を経由するか直行するかによって変動）、元箱根港から箱根町港間は片道約10分です。芦ノ湖を一周して元の港に戻る往復遊覧クルーズの場合、約70分〜80分の優雅な船旅が楽しめます。
注意したいのは季節や日没時刻によるダイヤ変動です。春から秋にかけてのハイシーズンと冬季では最終便の時間が1時間前後繰り上がるため、夕方に元箱根港へ戻るプランを立てる際は最終便の時刻を必ず確認しておきましょう。また、芦ノ湖は急な濃霧や強風の影響を受けやすいため、当日の朝には公式サイトで「本日の運航状況」をチェックするのが鉄則です。
